Škola začala psát svou historii v roce 1991 pod názvem Misijní škola Mikuáše Ludvíka Zinzendorfa. V prvních letech své existence úzce spolupracovala s britskou Covenant College. Od roku 1994 poskytovala možnost denního i dálkového teologického studia pro pracovníky Jednoty bratrské. Později byl v rámci nové koncepce vzdělávání posunut důraz na propojení teoretické přípravy s praktickým zapojením studenta v jeho místním sboru. V roce 2017 škola přijala svůj současný název, stala se zapsaným ústavem a rozšířila svoji působnost. Aktuálně poskytuje studium bratrské teologie ve dvou zaměřeních. Profesní zaměření studia je zakončeno udělením diplomu. Certifikace a kredibilita profesního studia je garantována českými i zahraničními biskupy Unitas fratrum.

Škola je tvořena čtyřmi katedrami zaměřenými na teologické předměty a Institutem dalšího vzdělávání ProfiEDU. Pro pracovníky Jednoty bratrské také připravuje vzdělávání v oblasti manželského a rodinného poradenství.

Institut dalšího vzdělávání ProfiEDU realizuje kurzy v oblasti sociálních služeb s akreditací MPSV (včetně kvalifikačního kurzu), dále školení IT, soft skills apod. Více informací je k dispozici na webových stránkách institutu.

Studium na Akademii Jana Blahoslava z.ú. probíhá dálkovou formou. Pro všechna studijní zaměření je vyžadována osobní účast studenta na úvodní přednášce k danému předmětu, následuje samostudium zahrnující m.j. vypracování eseje na zadané téma (zápočet) a předmět je zakončen prezenčně vykonanou zkouškou. Studenti, kteří si zvolí zaměření C, nekonají závěrečnou zkoušku. Některé předměty jsou realizovány formou delších studijních výjezdů. Součástí studia je praxe na sboru nebo v jiné organizaci založené Jednotou bratrskou. Přesný rozpis předmětů a jejich kreditní ohodnocení najdete v kurikulu v sekci "Ke stažení".

V průběhu studia je nutné splnit všechny zápočty a zkoušky, a to nejpozději 1 rok od přednášky k danému předmětu. K úspěšnému absolutoriu je potřeba dosáhnout odpovídajícího počtu kreditů v rámci zvoleného zaměření studia, doložit praxi, obhájit diplomovou nebo certifikační práci a uhradit školné. Studium může trvat nejdéle 5 let, přičemž jeho průměrná délka je 3 a půl roku.

Student hradí školné průběžně, a to vždy do 14 dnů od přednášky k danému předmětu. Za delší interval je mu účtováno penále ve výši 10% za každý uplynulý měsíc. Není-li student ze závažných příčin schopen uhradit školné, musí neprodleně informovat ředitele školy a domluvit si splátkový kalendář.
Pokud se student nemůže zúčastnit úvodní přednášky, ale přesto chce daný předmět absolvovat, je povinen uhradit školné za daný předmět v plné výši. Z přednášky získá studijní materiály.
Zájemci mohou navštívit a samostatně absolvovat vybrané předměty teologického studia. Cena je 1 200,- Kč za přednášku k jednomu předmětu. Pokud se v následujícím ročníku rozhodnou pro celé studium, bude jim tento předmět uznán. Absolventi, kteří chtějí studovat nově zařazený předmět v rámci svého dalšího vzdělávání, uhradí stejné školné jako běžní studenti.