Škola začala psát svou historii v roce 1991 pod názvem Misijní škola Mikuáše Ludvíka Zinzendorfa. V prvních letech své existence úzce spolupracovala s britskou Covenant College. Od roku 1994 poskytovala možnost denního i dálkového teologického studia pro pracovníky Jednoty bratrské. Později byl v rámci nové koncepce vzdělávání posunut důraz na propojení teoretické přípravy s praktickým zapojením studenta v jeho místním sboru. V roce 2017 škola přijala svůj současný název, stala se zapsaným ústavem a rozšířila svoji působnost. Aktuálně poskytuje studium bratrské teologie ve dvou zaměřeních. Profesní zaměření studia je zakončeno udělením diplomu CFTh (Chartered Fraternal Theologian). Certifikace a kredibilita profesního studia je garantována českými i zahraničními biskupy Unitas fratrum.

Škola je tvořena čtyřmi katedrami zaměřenými na teologické předměty a Institutem dalšího vzdělávání ProfiEDU. Pro pracovníky Jednoty bratrské také připravuje vzdělávání v oblasti manželského a rodinného poradenství.

Institut dalšího vzdělávání ProfiEDU realizuje kurzy v oblasti sociálních služeb s akreditací MPSV (včetně kvalifikačního kurzu), školení soft skills apod. Více informací je k dispozici na webových stránkách institutu.

Vyučujícím a studentům je přístupná školní knihovna pro prezenční i externí zápůjčky. 

Studium na Akademii Jana Blahoslava z.ú. probíhá dálkovou formou. Pro všechna studijní zaměření je vyžadována osobní účast studenta na úvodní přednášce k danému předmětu, následuje samostudium zahrnující m.j. vypracování eseje na zadané téma (zápočet) a předmět je zakončen prezenčně vykonanou zkouškou. Studenti, kteří si zvolí zaměření C, nekonají závěrečnou zkoušku. Některé předměty jsou realizovány formou delších studijních výjezdů. Součástí studia je praxe na sboru nebo v jiné organizaci založené Jednotou bratrskou. Přesný rozpis předmětů a jejich kreditní ohodnocení najdete v kurikulu v sekci "Ke stažení".

V průběhu studia je nutné splnit všechny zápočty a zkoušky, a to nejpozději 1 rok od přednášky k danému předmětu. K úspěšnému absolutoriu je potřeba dosáhnout odpovídajícího počtu kreditů v rámci zvoleného zaměření studia, doložit praxi, obhájit diplomovou nebo certifikační práci a uhradit školné. Studium může trvat nejdéle 5 let, přičemž jeho průměrná délka je 3 a půl roku.

Student hradí školné průběžně, a to vždy do 14 dnů od přednášky k danému předmětu. Za delší interval je mu účtováno penále ve výši 10% za každý uplynulý měsíc. Není-li student ze závažných příčin schopen uhradit školné, musí neprodleně informovat ředitele školy a domluvit si splátkový kalendář.

Školné je částečně dotované. Student platí částku, která je stanovena dle časové dotace jednotlivých předmětů.

Pokud se student nemůže zúčastnit úvodní přednášky, ale přesto chce daný předmět absolvovat, je povinen uhradit školné za daný předmět v plné výši. Z přednášky získá studijní materiály.

Zájemci mohou navštívit a samostatně absolvovat vybrané předměty teologického studia. Školné v takovém případě není dotované. Pokud se v následujícím ročníku rozhodnou pro celé studium, bude jim studovaný předmět uznán.

Absolventi, kteří chtějí studovat nově zařazený předmět v rámci svého dalšího vzdělávání, uhradí stejné školné jako běžní studenti.